به لحاظ تاریخی سابقه بورس کالای ایران به دو سازمان مجزا برمی‌گردد، سازمان کارگزاران بورس فلزات تهران که در شهریورماه سال ۱۳۸۲، فعالیت خود را آغاز کرد و سازمان کارگزاران بورس کالای کشاورزی ایران، که در شهریورماه سال ۱۳۸۳ شروع به فعالیت کرد.
به گزارش پایگاه خبری بازار سرمایه ایران (سنا)، شرکت بورس کالای ایران(سهامی عام) بر اساس قانون بازار اوراق بهادار(مصوب آذرماه ۱۳۸۴) مجلس شورای اسلامی تاسیس شد و کلیه عملیات و فعالیت های اجرایی سازمان‌های کارگزاران بورس فلزات تهران و کارگزاران بورس کالای کشاورزی ایران از مهرماه ۱۳۸۶ به شرکت بورس کالای ایران (سهامی عام) انتقال و فعالیت شرکت از تاریخ مذکور آغاز شد.
بورس کالا از مهر ۱۳۹۰ در بازار پایه شرکت فرابورس پذیرفته شده که در آذر ۱۳۹۵ به بازار پایه «الف» فرابورس، در بهمن ۱۳۹۷ به تابلوی فرعی بازار اول بورس اوراق بهادار تهران و سپس در مهر سال ۱۴۰۰ به بازار اول تابلوی اصلی بورس اوراق بهادار تهران منتقل گردید.
در حال حاضر هم بورس کالای ایران با تجربه‌ای طولانی، بستری مناسب برای معاملات انواع محصولات صنعتی و معدنی، محصولات پتروشیمی و فرآورده‌های نفتی و محصولات کشاورزی در قالب قراردادهای نقد، نسیه، سلف و کشف پریمیوم در بازار معاملات فیزیکی و فرعی فراهم کرده است. همچنین در این بورس، معاملات ابزارهای نوین مالی ازجمله قرارداد آتی، قرارداد اختیار معامله، گواهی سپرده کالایی، سلف موازی استاندارد و صندوق‌های کالایی بر روی کالاهای مختلف در حال انجام است.